KEGG

专治疗懒病：GO、KEGG富集分析一体函数

之前我们写过GO、KEGG的富集分析，参见：补充更新：GO、KEGG（批量分组）分析及可视化。演示了差异基因KEGG或者GO的分析流程。其实差异基因的富集分析输入的文件只需要一组基因就可以了。所以我们发挥了专治懒病的优良传统…

GO、KEGG（批量分组）分析及可视化

这篇帖子其实是更新、补充、解决一下问题的。我们号写过很多GO、KEGG富集分析的可视化，数不胜数，可以在公众号检索“富集”了解更多。我们演示的时候都是直接提供了富集的结果文件，一般演示为了图方便，也是利用在线工具cytoscape做…

【PaperReading】科学可重复的基因组富集: CERNO 与其他八种算法的比较

Gene set enrichment for reproducible science: comparison of CERNO and eight other algorithms 可重复性科学的基因组富集: CERNO 与其他八种算法的比较1. 引言2. 材料和方法2.1 CERNO算法2.2 进一步用于评估的算法2.3 数据集2.4 算法评估指标3. 结果3.1 CERNO算法的不同排…

使用R语言包clusterProfiler做KEGG富集分析时出现的错误及解决方法

使用enrichKEGG做通路富集分析时，一直报错：显示No gene can be mapped....k <- enrichKEGG(gene gene, organism "hsa", pvalueCutoff 1, qvalueCutoff 1)但是之前用同样的基因做分析是能够成功地富集到通路，即便是网上的数据…

R语言图形绘制 | 桑基图绘制教程

原文链接：R语言绘制桑基图教程写在前面在昨天3月10日，我们在知乎、B站等分享了功能富集桑基气泡图的绘制教程。相关链接：NC|高颜值功能富集桑基气泡图，桑基气泡组合图。确实，目前这个图在文章中出现的频率相对比较…

生物信息学 GO、KEGG

文章目录北大基因本体论分子通路KEGGGO注释分子通路鉴定关于同源相似性 b站链接：北大课程概述了当前生物信息学领域中几个重要的概念和工具，介绍基因本体论（Gene Ontology, GO）、分子通路知识库KEGG（Kyoto Encyclo…